Straż Graniczna realizuje zadania w oparciu czteropoziomowy system kontroli dostępu, którego filary stanowią:
- współpraca z placówkami dyplomatycznymi i konsularnymi oraz oficerami łącznikowymi,
- współpraca ze służbami granicznymi państw sąsiednich,
- zarządzanie granicą, w tym systematyczna odprawa graniczna i ochrona granicy,
- działania wewnątrz kraju.
W ramach działań wewnątrz kraju Warmińsko-Mazurski Oddział Straży Granicznej współpracuje z: Policją, Służbą Celną, Inspekcją Transportu Drogowego, Agencją Bezpieczeństwa Wewnętrznego, Centralnym Biurem Śledczym, Żandarmerią Wojskową, Urzędem Wojewódzkim, Służbą Ochrony Kolei. Głównym celem współpracy, oprócz działań o charakterze prewencyjnym, jest zwalczanie wszelkich form przestępczości zorganizowanej, a przede wszystkim nielegalnej migracji.
Podstawą prawną współdziałania z poszczególnymi organami są porozumienia o współpracy i współdziałaniu podpisane na odpowiednim szczeblu tj. Komendanta Warmińsko-Mazurskiego Oddziału Straży Granicznej lub Komendantów Placówek. Efektywność współpracy jest regularnie analizowana i jest przedmiotem okresowych spotkań przedstawicieli organów.
Współpraca i współdziałanie w ramach nadzoru nad powierzonym odcinkiem granicy realizowana jest między granicznymi jednostkami organizacyjnymi oraz między tymi jednostkami, a komendą oddziału. Na tym szczeblu graniczne jednostki organizacyjne kooperują także z wieloma instytucjami, tak w sferze zwalczania nielegalnej migracji, jak i utrzymania porządku i bezpieczeństwa publicznego. Elementami współpracy są wspólne działania kontrolne, patrole oraz wymiana informacji.
Współpraca na szczeblu międzynarodowym oparta jest w głównej mierze na współpracy ze służbami granicznymi Federacji Rosyjskiej. Realizowana jest w oparciu o wymianę informacji na temat sytuacji na wspólnie ochranianym odcinku granicy państwowej, spotkaniach granicznych oraz w ramach powoływanych zespołów i komisji.
Współpraca ze Stroną rosyjską realizowana jest na podstawie umowy między Rządem Polskiej Rzeczypospolitej Ludowej a Rządem Związku Socjalistycznych Republik Radzieckich o stosunkach prawnych na polsko – radzieckiej granicy państwowej oraz współpracy i wzajemnej pomocy w sprawach granicznych, podpisanej w Moskwie dnia 15 lutego 1961 r. Na mocy ww. umowy powołano instytucję Pełnomocnika Granicznego Rzeczypospolitej Polskiej odcinka Warmińsko-Mazurskiego i Federacji Rosyjskiej odcinka Królewieckiego. Ze Strony polskiej, z urzędu Pełnomocnikiem Granicznym jest Komendant W-MOSG, zaś jego zastępcą - Zastępca Komendanta właściwy ds. granicznych. Pełnomocnik Graniczny RP mianował komendantów Placówek SG swoimi Pomocnikami. Biorą oni udział w spotkaniach z przedstawicielami Służby Granicznej Federalnej Służby Bezpieczeństwa Federacji Rosyjskiej przeprowadzanych w celu wyjaśnienia spraw związanych z ochroną granicy państwowej.
Przedmiotem współpracy ze Stroną rosyjską jest:
- wymiana bieżących informacji o sytuacji na ochranianym odcinku;
- wyjaśnianie zdarzeń granicznych, w tym zabezpieczanie śladów tych zdarzeń;
- uzgadnianie przedsięwzięć w zakresie administracji granicy państwowej;
Współpraca między Rzeczpospolitą Polską, Federacją Rosyjską i Republiką Litewską
Dnia 27 października 2005 roku w Wilnie podpisano Porozumienie między Rządem Rzeczypospolitej Polskiej, Rządem Federacji Rosyjskiej i Rządem Republiki Litewskiej w sprawie określenia punktu styku granic państwowych zwanego „Wisztyniec”. W wyniku porozumienia powołano trójstronną komisję, której celem jest określenie wyglądu zewnętrznego, formy i rozmiarów znaku granicznego, jego stabilizacji oraz sporządzenia odpowiednich dokumentów demarkacyjnych w tej sprawie.
Ponadto, Warmińsko-Mazurski Oddział Straży Granicznej w ramach realizacji zadań służbowych współpracuje z Oficerami Łącznikowymi Straży Granicznej przy Ambasadach RP, z przedstawicielami urzędów konsularnych i sześciu punktów kontaktowych.
Dodatkowo rozwijana jest współpraca z Europejską Strażą Graniczną i Przybrzeżną (FRONTEX).